Die Pilger Apotheke befindet sich an der Missionsstrasse 57 in Basel, zwischen dem Spalentor und dem Burgfelderplatz an der Tramlinie 3. Die Apotheke kann entweder mit dem Tram 3 (Haltestelle Pilgerstrasse), oder mit Tram 1 (Haltestelle Hegenheimerstrasse) erreicht werden. Die Apotheke liegt neben dem Einkaufszentrum Coop Spalemärt.